延喜22年（922）、熊野権限の神託により寒川村大原へ、更に延長6年（928）、現在地に遷座したといわれています。

元亀2年（1571）、寒川家第20代別当直景は氏子と協力して社殿を再建し、将来に備えて境内に杉桧を植林しました。境内に見られる古木のほとんどは当時のものです。

上阿田木神社のお祭りは4月28日に宵宮、29日に本祭りが開催され、「花祭り」とも呼ばれ、県無形文化財に指定されています。県下でも少ない春祭りの一つで、「京より南にない祭り」と言われています。

伊邪奈美神（いざなみのかみ）がお祀りされており、女の神様なので、幟の上にお花が飾られています。力強い幟上げが行われ、神楽（ヤツハチと稚子の舞）が奉納されます。フィナーレでは、竿頭の切り花が舞い散ります。